Des mutations récemment identifiées clarifient le lien entre les gènes, l’autisme et la déficience intellectuelle

Traduction d’après un article de Spectrum

DDX3X-844

Les enfants présentant des mutations dans un gène appelé DDX3X ont des plis cérébraux inhabituellement petits.

Les chercheurs ont recensé plus de 100 mutations du gène DDX3X, un gène candidat pour l’autisme (1). Cette étude est la première à analyser de près la relation entre ces mutations et leurs effets sur les personnes autistes.

Les chercheurs ont combiné des observations cliniques et des scanners cérébraux d’enfants avec des analyses génétiques chez la souris afin de déterminer la base moléculaire des traits des enfants.

Les chercheurs ont établi un premier lien entre le DDX3X et l’autisme en 2014, et avec la déficience intellectuelle l’année suivante (2,3). Le gène étant situé sur le chromosome X, les mutations touchent principalement les filles ; on pense que la plupart des garçons présentant des mutations dans le gène meurent in utero.

Jusqu’à 3 % des filles présentant une déficience intellectuelle inexpliquée présentent une mutation du gène DDX3X(3). Environ la moitié d’entre elles sont également susceptibles d’être atteintes d’autisme, selon le cochercheur principal Elliott Sherr, professeur de neurologie à l’université de Californie, à San Francisco.

« Les enfants qui présentent la forme la plus légère présenteraient un tableau clinique encore important », précise M. Sherr. Le gène DDX3X « est probablement très important pour réguler l’activation et la désactivation de gènes importants qui sont essentiels au développement précoce ».

L’étude a montré que différentes mutations dans le gène conduisent à des combinaisons variées et à la gravité de ces traits.

« C’est un élément clé à prendre en compte lorsque nous réfléchissons aux approches thérapeutiques du syndrome DDX3X », déclare Silvia De Rubeis, professeur adjoint de psychiatrie au Seaver Autism Center for Research and Treatment à New York, qui n’a pas participé aux nouveaux travaux.

Sherr et ses collègues ont analysé les génomes de 107 enfants présentant des mutations dans le gène DDX3X. Presque toutes les mutations sont apparues de novo, ou spontanément, plutôt que d’être héritées.

Environ un tiers sont des mutations de « non sens », ce qui signifie que le gène ne parvient pas à fabriquer la protéine correspondante. Et environ la moitié sont des mutations de « faux sens », qui conduisent à ce que le gène fabrique une protéine défectueuse. Les résultats ont été publiés le 4 mars dans Neuron.

Résultats génétiques :

La plupart des 57 enfants porteurs de mutations de « faux sens » présentent de graves caractéristiques, notamment une déficience intellectuelle, un faible tonus musculaire et une incapacité à marcher. Les scanners cérébraux montrent qu’ils présentent également de nombreux plis anormalement petits dans le cerveau, une condition connue sous le nom de polymicrogyrie.

Trois des enfants sont porteurs de la même mutation au même endroit de leur génome et présentent des traits similaires, ce qui montre que cette mutation est à l’origine des traits spécifiques, explique M. Sherr.

Vous pouvez toujours dire « Eh bien, c’est peut-être juste une coïncidence », mais le fait qu’il s’agisse exactement de la même mutation à plusieurs reprises et qu’ils aient tous le même phénotype est assez convaincant », déclare M. Sherr.

Les chercheurs ont ensuite utilisé la technique d’édition génétique CRISPR pour modifier le gène DDX3X chez des souris à différents stades de développement.

Les souris ayant de faibles niveaux d’expression du DDX3X ont beaucoup moins de neurones que les témoins, ce qui suggère que le gène est crucial pour générer des neurones au début du développement du cerveau, explique la co-chercheuse principale Debra Silver, professeur associé de génétique moléculaire et de microbiologie à l’université Duke de Durham, en Caroline du Nord.

« La conclusion de tous ces efforts est que le cerveau est extrêmement sensible aux niveaux de DDX3X », explique Mme Silver. « Même une réduction de 25 % des niveaux de DDX3X a un impact profond sur la production de neurones ».

Fonction neuronale :

Les chercheurs ont découvert que de faibles niveaux de DDX3X empêchent l’ARN de se dérouler correctement : Dans les neurones de souris et les cellules souches neurales, les mutations erronées provoquent l’accumulation de protéines.

Selon la Fondation DDX3X, une organisation à but non lucratif qui se consacre à cette maladie, moins de 500 personnes dans le monde sont atteintes du syndrome DDX3X. Beaucoup d’autres pourraient ne pas encore être identifiées, notamment parce que le lien entre ce gène et la déficience intellectuelle n’a été découvert qu’il y a environ cinq ans, explique M. Silver.

Au fur et à mesure que les chercheurs identifieront d’autres enfants porteurs de ces mutations, ils pourront peut-être mettre en évidence les effets de certaines d’entre elles.

Il sera important de comprendre ces relations pour s’assurer que les gens reçoivent les bons traitements pour les mutations particulières dont ils sont porteurs, explique Tychele Turner, professeur adjoint de génétique à l’université de Washington à St.

« Il est vraiment essentiel de s’intéresser à l’aspect fonctionnel de ces gènes, et pas seulement aux gènes mais aussi aux mutations qu’ils contiennent », ajoute Turner. « Et je pense que cette étude montre exactement pourquoi, en termes de DDX3X. »

Parce que les mutations du gène affectent largement les filles, dit Turner, une meilleure compréhension de sa fonction pourrait également aider à mettre en lumière les différences entre les sexes dans les conditions de développement du cerveau.
Références :

(1) Lennox A.L. et al. Neuron Epub avant impression (2020) PubMed
(2) Iossifov I. et al. Nature 515, 216-221 (2014) PubMed
(3) Snijders Blok L. et al. Am. J. Hum. Genet. 97, 343-352 (2015) PubMed

 

Avril 2020 : Apraxie verbale et DDX3X

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Des chercheurs australiens ont mis en évidence des mutations génétiques liées à l’apraxie de la parole (trouble neurologique affectant la planification et la programmation motrice de la parole, c’est-à-dire la capacité du cerveau à prévoir les sons à produire).

Une étude internationale menée par des chercheurs de Melbourne a découvert neuf nouveaux gènes (dont le gène DDX3X) liés au type le plus grave de trouble de la parole chez l’enfant, l’apraxie.

La recherche a analysé la composition génétique de 34 enfants et jeunes affectés, et a montré que les variations de neuf gènes expliquaient probablement l’apraxie chez 11 d’entre eux. Les variations génétiques ont été provoquées spontanément et n’ont pas été héritées de leurs parents.

La recherche, menée par le Murdoch Children’s Research Institute (MCRI), l’Université de Melbourne et le Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, a été publiée dans le numéro en ligne de Neurology®, la revue médicale de l’Académie américaine de neurologie.

Angela Morgan, professeur d’orthophonie à l’université de Melbourne, qui dirige également le groupe de recherche sur la parole et le langage du MCRI, a déclaré qu’un enfant sur 1000 souffre d’apraxie et que, malgré des recherches intensives, les origines génétiques de ce trouble  de la parole sont restées largement inexpliquées jusqu’à présent.

« Huit des neuf gènes sont essentiels dans un processus qui active ou désactive des gènes spécifiques du langage en se liant à l’ADN voisin », a déclaré le professeur Morgan.

« Nous avons découvert que ces huit gènes sont activés dans le cerveau en développement. Cela suggère qu’il existe au moins un réseau génétique pour l’apraxie, tous ayant une fonction et un schéma d’expression similaires dans le cerveau ».

Le professeur Morgan a déclaré que les nouvelles découvertes génétiques aideraient les neuroscientifiques et les orthophonistes à développer des traitements plus ciblés pour les enfants.

« L’apraxie est un trouble clinique distinctif, socialement handicapant, et la compréhension de sa base moléculaire est la première étape vers l’identification d’approches thérapeutiques de précision », a-t-elle déclaré.

Les enfants atteints d’apraxie n’apprennent pas à parler clairement et à combiner les sons correctement. Le timing et le séquençage de leurs mots sont également affectés.

« Les enfants atteints d’apraxie ont généralement des problèmes de développement de la parole dès la petite enfance, avec des antécédents de mauvaise alimentation, de babillage limité, de retard dans l’apparition des premiers mots et de discours très inintelligible jusqu’à l’âge préscolaire. Le diagnostic est généralement posé vers l’âge de trois ans », a déclaré le professeur Morgan.

Source:

Hildebrand, M. S., Jackson, V. E., Scerri, T. S., Van Reyk, O., Coleman, M., Braden, R. O., Turner, S., Rigbye, K. A., Boys, A., Barton, S., Webster, R., Fahey, M., Saunders, K., Parry-Fielder, B., Paxton, G., Hayman, M., Coman, D., Goel, H., Baxter, A., … Morgan, A. T. (2020). Severe childhood speech disorder : Gene discovery highlights transcriptional dysregulation. Neurology, 10.1212/WNL.0000000000009441. https://doi.org/10.1212/WNL.0000000000009441

Février 2020 : début d’une étude clinique en France

Une étude clinique est en cours d’élaboration à Montpellier, les médecins responsables  de l’étude, souhaitent investiguer les performances cognitives des enfants et des adultes porteurs d’une mutation dans le gène DDX3X.

Les objectifs de l’étude sont :

  •  essayer de mieux prédire le degré de sévérité de l’atteinte cognitive en fonction du type de mutation ;
  •  essayer de mettre en évidence des forces et des faiblesses partagées par tous les patients et de pouvoir, grâce à ces données, orienter et faciliter leurs apprentissages.

Si vous souhaitez y participer, contactez Delphine MARTIN, parent référent de la commission DDX3X dans l’association des familles Xtraordinaire, ou Hélène FRENKIEL, chargée de mission scientifique pour Xtraordinaire, qui fait la liaison avec l’équipe médicale de Montpellier.

Delphine Martin : ddx3x.xtraordinaire@gmail.com

Vous pouvez aussi adhérer à l’association Xtraordinaire:
https://www.helloasso.com/associations/xtraordinaire/adhesions/je-soutiens-les-familles-xtraordinaires

Février 2020 : Financement de la recherche aux USA

C’est avec beaucoup de joie que nous avons appris que l’association américaine DDX3X avait reçu un financement de 450 000 dollars pour la recherche de la part de la fondation Chan-Zuckerberg, fondation créée par Mark Zuckerberg, fondateur de facebook et son épouse Priscilla Chan.

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Plus d’informations: https://chanzuckerberg.com/rao/ddx3x-foundation/

Juillet 2019 – Extension du phénotype de DDX3X: 6 nouveaux cas

Article:

Article3

Français:

Des variantes pathogènes du DDX3X ont récemment été identifiées comme étant une cause relativement courante de déficience intellectuelle chez les femmes. Dans cette étude, nous décrivons le cas de six femmes, issus de cinq familles non apparentées, avec cinq nouvelles variantes hétérozygotes dans DDX3X, et l’identification d’une éventuelle mosaïque germinale. Les caractéristiques constantes entre cette cohorte et les cas décrits précédemment comprennent le retard de développement ou la déficience intellectuelle, les troubles de la croissance et les troubles du mouvement. Les dysmorphismes faciaux courants au sein de la cohorte comprennent de courtes fentes palpébrales, une micrognathie, une pointe nasale bulbeuse, des oreilles saillantes, un palais arqué haut, un vermillon supérieur mince et un philtrum lisse. Les nouvelles caractéristiques cliniques identifiées dans cette cohorte comprennent les dysmorphismes faciaux, les complications périnatales, la déformation du pied valgus, la lipoatrophie, les épisodes dystoniques et le mastocytosis cutané. Cette série de cas tente d’élargir le phénotype du syndrome DDX3X, mais elle reste hétérogène. La description d’autres cas est nécessaire pour déterminer avec plus de précision l’importance des nouveaux phénotypes au sein de cette cohorte.

Traduit avec http://www.DeepL.com/Translator

Bibliographie:

Beal, B., Hayes, I., McGaughran, J., Amor, D. J., Miteff, C., Jackson, V., … Goel, H. (2019). Expansion of phenotype of DDX3X syndrome : Six new cases. Clinical Dysmorphology. https://doi.org/10.1097/MCD.0000000000000289

Juillet 2019 – Délimitation plus poussée du syndrome DDX3X

En bref:

La description d’une patiente porteuse du syndrome DDX3X née prématurément et d’abord diagnostiquée comme porteuse de paralysie cérébrale.

Article:

Article6

Français:

Bibliographie

Chanes, N. M., Wong, J., & Lacassie, Y. (2019). Further delineation of DDX3X syndrome. Clinical Dysmorphology, 28(3), 151‑153. https://doi.org/10.1097/MCD.0000000000000263

 

Avril 2019 – Des mutations sur le gène DDX3X sur les hommes semblent viables et contribuent à la déficience intellectuelle syndromique

En bref:

Des mutations de DDX3X ont été découvertes chez des garçons, sur les 3 cas décrits, deux ont hérité cette mutation de leur mère, qui était une porteuse saine. Pour le troisième, il s’agit d’une mutation de novo (accidentelle). Les 3 patients étaient porteurs de déficience intellectuelle.

Article:

Article5

Français: (DeepL)

DDX3X (Xp11.4) encode une hélicase d’ARN DEAD-box qui échappe à l’inactivation du chromosome X. Il a été démontré que les variants pathogènes du DDX3X causent une déficience intellectuelle (DI) liée au chromosome X (MRX102, MIM : 300958). Les phénotypes associés aux variantes de DDX3X sont hétérogènes et comprennent des anomalies cérébrales et comportementales, la microcéphalie, l’hypotonie, les troubles du mouvement et/ou la spasticité. La majorité des variantes de DDX3X décrites sont des mutations de novo chez les femelles présentant une DI. En revanche, la plupart des variantes mâles de DDX3X sont héritées d’une mère non atteinte, à l’exception d’une variante de novo récemment identifiée comme site d’épissage. Il a donc été suggéré que le DDX3X exerce ses effets par haploïnsuffisance chez les femelles et que les mâles affectés portent des allèles hypomorphes qui conservent une fonction partielle. Étant donné l’absence de variants mâles de novo DDX3X, on soupçonne que les variants de perte de fonction de ce gène sont mortels pour les hommes. Grâce au séquençage de l’ensemble de l’exome, nous avons identifié trois hommes sans lien de parenté avec des variantes DDX3X hémizygotes de faux-sens et une DI. Les trois variantes ont été confirmées par le séquençage de Sanger, dont deux ont été établies comme de novo. Les analyses in silico ont confirmé la pathogénicité. Nous signalons les phénotypes masculins et les comparons aux phénotypes observés chez les patients et les patientes précédemment signalés. En conclusion, nous proposons que les variantes de novo DDX3X ne sont pas nécessairement mortelles pour les hommes et devraient être considérées comme une cause de DI syndromique chez les hommes et les femmes.

 

Bibliographie:

Nicola, P., Blackburn, P. R., Rasmussen, K. J., Bertsch, N. L., Klee, E. W., Hasadsri, L., … Clayton-Smith, J. (2019). De novo DDX3X missense variants in males appear viable and contribute to syndromic intellectual disability. American Journal of Medical Genetics Part A, 179(4), 570‑578. https://doi.org/10.1002/ajmg.a.61061

Avril 2019 – Trois nouvelles mutations DDX3X associant des anomalies cérébrales et des tumeurs ainsi qu’une déficience intellectuelle

Résumé:

Article2

En français (DeepL)

Les variantes de novo DDX3X représentent de 1 à 3 % des cas de déficience intellectuelle syndromique (DI) chez les femmes et ont parfois été signalées chez les hommes. De plus, des variantes somatiques de DDX3X apparaissent dans plusieurs cancers agressifs, dont le médulloblastome. Nous décrivons trois femmes sans lien de parenté présentant une DI sévère, des caractéristiques dysmorphiques et un modèle malformatif cérébral commun caractérisé par des malformations du développement cortical, une dysgénésie callosale, des anomalies des ganglions basaux et des malformations du cerveau moyen – cerveau postérieur. Un astrocytome pilocytaire a été diagnostiqué accidentellement chez la patient1 1 et une trigonocéphalie a été trouvée chez la patiente 2. Avec l’utilisation du séquençage d’exome complet (Whole Exome Sequencing), nous avons identifié trois variantes distinctes de novo du gène DDX3X. Ces résultats élargissent le spectre phénotypique des troubles liés au DDX3X, en démontrant des caractéristiques neuro-radiologiques uniques ressemblant à celles des tubulinopathies, et confirment le rôle du DDX3X dans le développement neuronal. Nos observations suggèrent en outre un lien possible entre les variantes germinales du DDX3X et le développement du cancer.

Traduit avec http://www.DeepL.com/Translator

Bibliographie

Scala, M., Torella, A., Severino, M., Morana, G., Castello, R., Accogli, A., … Capra, V. (2019). Three de novo DDX3X variants associated with distinctive brain developmental abnormalities and brain tumor in intellectually disabled females. European Journal of Human Genetics: EJHG, 27(8), 1254‑1259. https://doi.org/10.1038/s41431-019-0392-7

Octobre 2018 – Extension du phénotype de DDX3X – une cause fréquente de déficience intellectuelle chez les femmes

Article:

Article4

Français:

Les variantes de novo dans le gène DDX3X représentent de 1 à 3 % des cas inexpliqués de déficience intellectuelle (DI) et comptent parmi les causes les plus courantes de DI, surtout chez les femmes. Quarante-sept patients (44 femmes et 3 hommes) ont été décrits. Nous avons identifié 31 autres personnes porteuses de 29 variantes uniques de DDX3X, dont 30 postnatales présentant des signes cliniques complexes de retard du développement ou de DI, et un fœtus présentant des résultats anormaux aux ultrasons. Les phénotypes rares ou nouveaux observés comprennent des problèmes respiratoires, des cardiopathies congénitales, des dysfonctions de l’ADN mitochondrial des muscles  et un déclin neurologique tardif. Nos résultats élargissent le spectre des variants et des phénotypes d’ADN associés aux troubles DDX3X.

Bibliographie:

Wang, X., Posey, J. E., Rosenfeld, J. A., Bacino, C. A., Scaglia, F., Immken, L., … Moretti, P. (2018). Phenotypic expansion in DDX3X – a common cause of intellectual disability in females. Annals of Clinical and Translational Neurology, 5(10), 1277‑1285. https://doi.org/10.1002/acn3.622

Septembre 2018 : Une variante pathogène héréditaire hypomorphe du DDX3X provoque une déficience intellectuelle masculine avec des caractéristiques neurodéveloppementales et neurodégénératives supplémentaires.

Article:

Article7

 

Français:

Une variante pathogène héréditaire hypomorphe du DDX3X provoque une déficience intellectuelle masculine avec des caractéristiques neurodéveloppementales et neurodégénératives supplémentaires.

BACKGROUND :

La déficience intellectuelle (DI) est une affection courante dont la prévalence dans la population est de 1 à 3 %,  plus élevée chez les hommes, en partie à cause de la contribution des allèles mutants sur le chromosome X. Parmi les plus de 500 gènes associés à la DI, DDX3X représente une anomalie dans la spécificité sexuelle. Presque toutes les variantes pathogènes signalées de DDX3X sont de novo, affectent surtout les femelles et semblent être des variantes de la perte de fonction, ce qui correspond à l’hypothèse selon laquelle l’haploïnsuffisance à ce locus du chromosome X est susceptible d’être mortelle pour les mâles.

RÉSULTATS :

Nous avons évalué deux frères présentant des caractéristiques syndromiques caractérisées par une DI légère à modérée et une spasticité progressive. Le séquençage quadratique de l’ensemble de l’exome a révélé une variante de non-sens héritée de la mère codant p.R79K en DDX3X chez les deux frères, et aucune autre variante pathogène apparente. Nous avons évalué sa pertinence possible pour leur phénotype à l’aide d’un test fonctionnel établi pour l’activité de DDX3X sur des embryons de poisson zèbre et avons constaté que cet allèle cause une perte partielle de la fonction de DDX3X et représente donc une variante hypomorphe.

CONCLUSIONS :

Nos données génétiques et fonctionnelles suggèrent que la perte partielle de la fonction du DDX3X peut causer une DI syndromique. L’allèle p.R79K affecte une région de la protéine en dehors du domaine critique de l’ARN hélicase, offrant une explication crédible pour la rétention observée de la fonction partielle, la viabilité chez les mâles hémizygotes et l’absence de pathologie chez les femelles. Ces résultats élargissent le spectre de pathologie de ce locus selon le sexe et suggèrent que l’analyse des variantes de DDX3X devrait être considérée comme pertinente tant pour les hommes que pour les femmes.

Bibliographie:

Kellaris, G., Khan, K., Baig, S. M., Tsai, I.-C., Zamora, F. M., Ruggieri, P., … Katsanis, N. (2018). A hypomorphic inherited pathogenic variant in DDX3X causes male intellectual disability with additional neurodevelopmental and neurodegenerative features. Human Genomics, 12(1), 11. https://doi.org/10.1186/s40246-018-0141-y